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云南农业大学在生物资源数字化方面取得巨大成果 完成全球最大型葡萄属植物基因组学数据库

发布时间:Mar 11, 2020         已有 人浏览
  本站音讯 近来,世界闻名期刊Molecular Plant在线宣布了来自云南农业大学董扬教授课题组题为“VitisGDB: The Multifunctional Database for Grapevine Breeding and Genetics”的研讨论文(DOI:https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.05.002),标志着我国在葡萄属植物功用基因组学数据库建造方面获得重要发展。该效果为植物学家展开葡萄属植物比较基因组学剖析与葡萄遗传育种供给了有力的在线剖析东西。   葡萄是世界上最陈旧的果树树种之一,葡萄(Vitis vinifera ssp.vinifera)是葡萄属中培养最多的生果作物,该属还含有约60种可育的野生种。在世界温带区域的原生休息地中,北美约有28种野生葡萄品种,东亚约有30种野生葡萄品种。虽然葡萄培养在人类前史中具有重要的文明意涵及经济价值,但大规模基因组遗传变异数据的缺少导致无法解析其驯化传达前史,也严峻阻止了葡萄的性状改进。
  跟着全球越来越多葡萄属植物基因组的连续解析,及相关重测序、转录调控等高通量数据的堆集,研讨者迫切需要一个可以整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多层次数据的比较东西,对葡萄属的特定生物学特征或基因宗族的基因序列、结构等进行比较剖析。为此,董扬教授和盛军教授、中科院植物研讨所李绍华教授协作,一同构建了首个葡萄属植物基因组学网站-VitisGDB(http://vitisgdb.ynau.edu.cn/)。到现在,VitisGDB共录入了葡萄属7个物种共22个基因组拼装成果;录入并处理了包含1641个重测序数据以及相应的表型信息;猜测判定出9395万个单核苷酸变异位点(SNP)以及9.7万个基因共线性关系。经过整合多种可视化组件与基因组在线比较东西,该数据库将不同类型的数据有机整合到了一同,为用户供给了友爱的数据检索、下载和在线剖析服务。论文在同行评议中,世界闻名葡萄研讨作业者给予极端高度的点评,以为该数据库是葡萄遗传资源范畴类现在最全面和易用的数据库。该数据的上线,是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库,为葡萄这种“一带一路”典型作物的协同研讨供给了重要的东西。
  云南生物资源保护与使用国家重点实验室研讨董扬教授团队董笑和陈玮教授为论文一同榜首作者,盛军教授和李绍华教授为论文的一同通讯作者。该作业得到了云南省农业厅的项目赞助。 日期:2020-11-06  

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